产品简介

全基因组关联分析（Genome-wide association study, GWAS）是一种对全基因组范围内的常见遗传变异（单核苷酸多态性和拷贝数变异）基因总体关联分析的方法，该方法以自然群体为研究对象，以长期重组后保留下来的基因（位点）间连锁不平衡（linkage disequilibrium, LD）为基础，将目标性状表型的多样性与基因（或标记位点）的多态性结合起来分析，可直接鉴定出与表型变异密切相关且具有特定功能的基因位点或标记位点。在全基因组范围内进行整体研究，能够一次性对优良性状进行轮廓性概览，适用于挖掘优良性状的研究。

研究内容

全基因组关联分析首先进行群体分层，分析了解材料的分层信息；然后进行连锁不平衡分析，连锁不平衡的水平可决定关联分析的精度、所选标记的数目；最后结合群体基因型和表型数据，使用基于混合线性模型进行全基因组关联分析，对分析所得的与目标性状强关联的位点进行基因功能注释。

结果展示

送样建议

1) 对于农作物，一般选取多个品系或商业品种做GWAS，包括野生种、当地栽培种、驯化种或商业品种，选择多个品系或商业品种可以保证遗传多样性；

2) 对于动物或禽类，一般选取半同胞家系或者全同胞家系；

3) 对于林木类材料，一般选取同一个物种的多个样本，样本间要做到表型丰富；

4) 无论何种材料，样本间都不能有明显的亚群分化，且多态性要广，同时建议选取几个比较重要的表型性状作为研究的重点；

5) 对于组织样或DNA的要求与全基因组重测序相同；

6) 原则上样本数目越多越好，根据目前报道的高水平文章来看，样本数一般在200以上，对于珍稀物种可以适当减少；

7) 对于目标性状选择方面，尽量选择遗传力高的性状，所有个体性状表型鉴定部位尽量一致，最好有多年多点的表型数据。